布尔尼是林丹汗裔孙，1635年，林丹汗长子孔果尔、额哲随其母后苏泰归降清朝之后，清太宗将苏泰太后赐与满洲贝勒济尔哈良为妻，而他自己则纳林丹汗已有孕身之大福晋囊囊为妃。封孔果尔、额哲为亲王，命领其众居义州（今辽宁省义县）。同年，囊囊大福晋生下林丹汗遗腹子阿布奈。1662年，孔果尔、额哲死后，阿布奈袭亲王爵又尚公主，仍领其众居义州，但阿布奈以先人遗恨心不归清，多年不赴京朝觐，因此于1669年被革职夺爵，监禁于盛京沈阳狱中。阿布奈有二子，长子即布尔尼，次子罗卜藏，同年九月，布尔尼袭其父察哈尔和硕亲王爵，并尚长史辛柱公主（安勒王岳禄之女）。此后，他常以“非罪拘执父王，不可；罪父立子不可”为词，发泄对清廷的不满情绪，他虽然有过两次进京朝贺的表现，但图报复之心不死。
1673年十一月至1674年十月，明朝降将平西王吴三桂、平南王尚可喜、靖南王耿精忠先后在云南、广东、福建三地起兵反清，史称“三藩之乱”。康熙皇帝尽倾京师大军，南下平定“三藩之乱”，时京城空虚，正在这时，于察哈尔地区进行宗教活动的阿杂里喇嘛和僧格浑津等人，鼓动布尔尼和罗卜藏兄弟，联络旧时的察哈尔属部，共同举旗反清，复兴林丹汗未竟之业。布尔尼兄弟亦认为时机已到，遂听从了阿杂里喇嘛和僧格浑津的策动计划，决定先进军盛京沈阳，营救其父阿布奈，而后攻打清都北京。
1675年（康熙十四年）三月，布尔尼、罗卜藏等人一面令部下“增治兵甲”积极备战，一面派人至周围各旗秘密联络，动员他们共同举兵反清。这时昭乌达盟所属奈曼旗札萨克郡王札木三已叛应布尔尼，他首先劝诱其侄鄂齐尔与之同叛，鄂齐尔不从，率其所属避徙于喀喇沁。扎木三又以“科尔沁、扎鲁特、阿鲁科尔沁、乌珠穆沁、浩济特、阿巴嘎等部俱以响应布尔尼”的谎言，游说喀喇沁郡王札什，不仅遭到札什拒绝，反而被扎什派人到京师告密，各部均不起兵最后札木三只率本旗兵加入了布尔尼的队伍。
布尔尼预定在三月二十五日起事，不料这一计划被从嫁公主长史辛柱发觉，她也暗遣其弟阿济根入京告密。康熙皇帝闻报后觉得事态严重，经报请皇太后（即孝庄文皇后），决定先不打草惊蛇，遣侍卫塞棱赴义州，以议事为名，召布尔尼及其弟罗卜藏，随同马林郡王鄂齐尔兄弟、翁牛特郡王毕里衮达赍兄弟同时进京，以防患于未然。布尔尼知其为计，非但不肯进京，还把来使塞棱扣留，至三月二十五日，布尔尼、罗卜藏、阿杂里喇嘛、僧格浑津以及喀尔喀公垂札布、奈曼郡王札木三率领3000多人，从义州奔赴张家口，同事先有约的察哈尔左翼4旗官兵会师。四旗官兵见布尔尼军至，不顾散秩大臣绰尔济阻拦，在宣府哗变，拆毁长城边墙，往投布尔尼麾下。三月二十七日，布尔尼率部至张家口以北鄂西奚，夺取了清朝御马场的马群。这时，康熙决定派兵镇压，命多罗信郡王鄂扎为抚远大将军，大学士图海为副将军督师征讨。“时清军精锐尽皆南征，宿卫尽空，”经图海奏准，从八旗家奴中，选其健勇者得兵数万，又遣理藩院郎中马喇、员外郎塞冷至哲、昭、卓三盟各旗征调兵马，阿鲁科尔沁、扎鲁特、翁牛特、巴林、喀喇沁、土默特等旗均应征从战。
1675年四月，鄂扎、图海率师出征，图海以“察哈尔旧国， 不可胜计，如之得之，可富贵终身”为诱饵鼓舞家奴兵士，清军所过之处，无一免遭掠夺。四月二十二日，清军到达喀喇沁境内，在达禄地方，会同喀喇沁右旗军兵，喀喇沁右旗军队在札什、噶尔臧、色棱的带领下，会同清军，勇猛冲杀。同布尔尼所部接战，开始时，布尔尼亲自领兵摆列火器拒敌。家奴掠取珍宝心切，无不奋勇争先，向布尔尼火器阵地边续猛攻，阵地终被攻破。布尔尼第一道防线被攻破后，又组织两次反击，因寡不敌众，均败。布尔尼正在危难之时，支持他的喀尔喀公垂札布逃走，都统晋津率其所属临阵投降。最后布尔尼和罗卜藏兄弟仅率领30余骑突围，逃入扎鲁特境内。至五月初，科尔沁和硕额驸沙津，率领哲里木盟5旗兵马，在扎鲁特旗的贵勒苏特地方，将布尔尼残部包围，布尔尼之弟罗卜藏是沙津额驸的妹夫，罗卜藏只身往见沙津，声称其兄布尔尼已遁走，他自己前来乞命。沙津令罗卜藏招降布尔尼，并派30余骑随其同往。罗卜藏与布尔尼相见后，二人又一同遁走，被沙津追及一一射死。
事后， 清廷又将监禁于盛京（沈阳）的布尔尼之父阿布奈绞死，“其子于军前正法，女入官”，林丹汗后裔遂绝。至此，清政府将察哈尔在义州的牧场收回。“空其故地，置牧厂，隶内务府太仆寺”。将察哈尔遗民13746口编为内属蒙古八旗，分成左右二翼。“移其部众游牧于宣化、大同边外”。
乌兰布通之战 1647年（顺治四年），新疆的哈密、吐鲁番相继归顺了清朝。但居住在北部的四卫拉特（绰罗斯 、杜尔伯特、和硕特、辉特）蒙古族居然没有归服，其内部不断发生纷争，绰罗斯卫拉特部族中的噶尔丹杀死其侄，篡夺了绰罗斯卫拉特的统治权。而后，南并青海，征畏兀尔、杜尔伯特卫拉特等部族。1688年（康熙二十七年）夏，噶尔丹率精兵3万，击败漠北喀尔喀蒙古土谢图汗部、车臣汗部、扎萨克图汗部。喀尔喀蒙古三部首领率10万部族向清朝投降，清圣祖康熙令噶尔丹返回新疆原牧地，归还侵占的漠北喀尔喀部属地。这时噶尔丹已经占领了回部、青海、漠北等广大地区，加之沙皇俄国支持，根本不把清帝放在眼里。1690年（康熙二十九年），噶尔丹以追击喀尔喀部为名，带领3万大军，越过呼伦贝尔大草原，沿喀尔喀河南下，六月四日，进抵乌尔会河。
康熙闻听噶尔丹进犯的消息后，立即组织兵力，亲征噶尔丹。命抚远大将军裕亲王福全为左翼军出古北口，安北大将军恭亲王常宁为右翼军，出喜峰口。康熙在喀喇和屯驻跸，喀喇沁右旗郡王札什陪同康熙并筹集粮草，札什之子噶尔臧、色棱随福全出征。七月一日至三日，两路清军陆续出发，至二十日左右，由抚远大将军 福全率领的大军及应征参战的诸蒙古札萨克旗兵，先后到达克什克腾旗的土尔埂伊扎尔之地（木兰围场附近）。所到诸军“凡营盘四十座，连营六十里，阔二十里，首尾联络，屹如立山。”七月二十五日，噶尔丹军进至乌尔会之战取胜后，越过大兴安岭至克什克腾旗的弼劳古之地驻扎。此间双方遣使往来谈判数次，均未妥协。二十九日，噶尔丹军进至克什克腾境内的乌兰布通，开始进行作战准备。乌兰布通（汉语意红坛子山，又名大红山）位于小腾格里沙漠南端，北距经棚镇约115公里，海拔高1592米，南北长约1600米，东西宽约1500米。乌兰布通山南麓，是面积约4平方公里的两片丘陵，附近有一个泡子，称作将军泡子，泡子周围有大面积的沼泽。丘陵地略高于泡子10余米，噶尔丹先行时至乌兰布通，抢占了有利地形，“骑十万（实则只有三万）陈于山下，依林阻水，缚驼足卧地，背加箱垛，蒙以湿毡，环列如栅，号驼城”。噶尔丹充分利用了战区地形，将万余只驼组成的防御工事隐蔽在主峰周围丘陵的丛林内，辎重屯于丘陵中部，指挥位置设在主峰，以便更好的指挥和协调各个方面的作战行动。
八月一日拂晓，福全指挥清军向噶尔丹发动进攻，清军首先命火器营兵发射铁心枪、子母炮轰击噶尔丹防御阵地，以驼城为掩护的噶尔丹军利用栅隙发射鸟铳进行反击，但在清军猛烈炮火袭击下，“驼城”被打开缺口，清军在乌尔衮，噶尔藏，色棱，札什三子的带领下大批骑兵乘势冲向敌阵。但是右翼军攻击时遇到哈尔哈河（即今哈尔哈河）开阔而低洼的沼泽地，士兵为河泥所阻，不能前进，侍卫内大臣佟国纲康熙舅父在带领左翼兵沿河面进时，不幸中弹身亡，他的兄弟佟国维率部继续冲击。前锋参领格斯泰骑马挥刀冲入敌营，清军冲上山腰，驼城阵被彻底摧毁。噶尔丹军利用夜幕奔高山顶，据险坚守。
乌兰布通山峰虽不甚高大，但南坡是陡峭的悬崖，无法攀登，居高临下，利于据险扼守，增加了清军进攻的困难。在这种情况下，清军前线指挥福全做出了错误的估计和决断，他认为噶尔丹实力仍强，据险顽抗，攻歼很难，清廷从东北方面调来增援的劲旅还没有到达战场，决定暂停攻击，设法“羁糜” 噶尔丹，将他暂时稳住，等待盛京、科尔沁大军赶到时，再发动总攻，一举全歼。福全将他的想法向康熙报告，不等批复，就停止进攻，噶尔丹见清军停止攻击喜出望外立即派人同福全“和谈”，表示“不再犯边”，准备骗住福全，而后乘机率部逃跑。康熙接到福全的报告，立即交给议政大臣讨论，一致认为福全不即进军，坐失良机，决定严加诘责。这时，噶尔丹已乘夜下山，渡过西拉沐伦河，越大碛山宵遁，前线清军发现敌人偷逃，由于没接到福全的命令，未敢擅自截击或追击，致使噶尔丹轻易逃走。噶尔丹军退出克什克腾旗时，顺路劫走了该旗3个苏木的2万多头牛羊，以充军饷，同时为防止清军追击，放火烧掉所过大片草地。
